La Gygis à bec fin n’est pas une espèce menacée d’après la communauté internationale (quelques dizaines de milliers de couples). Elle serait cependant victime d’une hybridation de plus en plus importante avec l’autre espèce G. alba/candida. Malheureusement, elle est également victime de la prédation par le chat, et semble bien plus commune à Ua Huka, où le Rat noir est absent, qu’à Fatu Hiva, où il est présent. L’île de Moho Tani, indemne du Rat noir, abrite une colonie essentielle pour cette espèce, qui comprend plusieurs milliers de couples.

Il n’y a pour l’heure aucun programme de conservation spécifique à cette espèce, néanmoins sur Ua Huka, les actions de biosécurité et de restauration d’habitat menées par l’Association Vaiku’a profite également à la sauvegarde de la Gygis à bec fin.